دانه‌های پنبه‌ای موجود در بازار معمولاً محصول جانبی تولید الیاف پنبه هستند. توسط یک پنبه پاک کن، که پرزها را از دانه ها جدا می کند. در نتیجه، تولید بذر تحت سلطه عوامل تعیین کننده تولید الیاف پنبه است و بذر حدود 15 تا 20 درصد ارزش محصول پنبه است (O'Brien et al., 2005). بسته به گونه و تنوع، پرزهای پنبه رنگ‌های مختلفی دارد (سیاه، قهوه‌ای یا قرمز)، و ممکن است بلند و نازک باشد (Gossypium hirsutum، 90 درصد تولید جهانی)، بلندتر و ظریف‌تر (Gossypium barbadense، که به آن پنبه مصری نیز می‌گویند) یا کوتاه تر و ضخیم تر (Gossypium herbaceum و Gossypium arboretum)
